В ходе сражений возле белорусского города Лиозно 16 июля 1941 года, выходя из окружения Яков Джугашвили попал в немецкий плен. 

Пока не было известно о его местонахождении, тайно велись поиски, но вскоре немцы по радио сообщили, что они захватили в плен сына Сталина.
Первый допрос взятого в плен Якова Джугашвили состоялся 18 июля 1941 года. Оригинальный протокол был найден после войны в архиве министерства авиации в Берлине и находится сегодня в Центральном архиве министерства обороны в Подольске. В ходе допроса Яков заявил, что он с гордостью защищал свою страну и ее политическую систему.
Почти два года Яков Джугашвили находился в лагерях, когда 14 апреля 1943 года был убит часовым при попытке к бегству. Старший сын Сталина Яков Иосифович Джугашвили с первых дней войны сражался на фронте против фашистов. В звании старшего лейтенанта он командовал шестой артиллерийской батареей 14-го гаубичного полка 14-й танковой дивизии 7-го корпуса 20-й армии.
Скитания Якова Джугашвили по немецким лагерям продолжались почти два года. Сначала он находился в Хаммельбурге. Весной 1942 года его перевели в Любек, а затем в Заксенхаузен. Существует версия, что немецкое командование хотело обменять Якова на фельдмаршала Паулюса, взятого Красной Армией в плен в Сталинграде.
Вечером 14 апреля 1943 года Яков Джугашвили не выполнил приказ зайти в барак и направился через нейтральную тропу к проволоке. После окрика часового, Яков закричал: «Стреляй!». Когда Яков схватился за проволоку, часовой, роттенфюрер СС Конрад Хафрих открыл огонь. Согласно протоколу вскрытия, пуля попала в голову в четырех сантиметрах от правого уха и раздробила череп. Однако смерть наступила раньше — от поражения электрическим током высокого напряжения. Труп был сожжен в крематории лагеря.