Был схвачен в результате предательства, вынес все пытки и сказал только одно: «Мы на своей земле помилования у врагов не просим!».
В июле 1940 года Владимир Александрович Молодцов стал заместителем начальника отделения, а с 1 марта 1941 года – начальником 2-го отделения 7-го Отдела во внешней разведке.
С началом Великой Отечественной войны 8 июля 1941 года проводил жену с 3-я детьми в эвакуацию в Прокопьевске Кемеровской области 19 июля 1941 года.
Получив специальное задание от командования, Владимир Молодцов прибыл в Одессу для организации партизанских соединений, а также руководства диверсионной и разведывательной работой в тылу врага под псевдонимом Павел Бадаев (оперативное имя «Кир»). Псевдоним был выбран по фамилии жены Молодцова – Антонины Бадаевой. Сама операция получила наименование «Форт». Непосредственно руководил отрядами в Одесских катакомбах и в городе.
16-18 октября 1941 года совершены первые удары партизан по румынским войскам, занявшим Одессу.
22 октября 1941 года с помощью радиофугаса была взорвана румынская комендатура, во время проводившегося там совещания. Убиты 2 генерала (в частности, комендант одесского гарнизона Ион Глогожану) и 147 офицеров. 17 ноября 1941 года был совершён подрыв люкс-эшелона с администрацией для оккупированной Одессы в районе станции «Застава». Уничтожено свыше 250 офицеров и чиновников. До начала 1942 года, несмотря на исключительно сложные условия пребывания в катакомбах, отрядом партизан неоднократно разрушались линии проводной связи, железнодорожное полотно, совершались диверсии в морском порту, была взорвана дамба Хаджибейского лимана, уничтожалась живая сила и техника противника, минировались дороги, добывалась ценная разведывательная информация для Ставки. Советская авиация не раз наносила точные бомбовые удары, координаты для которых командир передавал в «Центр». Отряд в 75-80 человек, базировавшийся в катакомбах, отвлекал на себя значительные силы войск «СС» и полевой жандармерии численностью до 16 тыс. человек. Румынские и немецкие службы безопасности взрывали, минировали и бетонировали выходы, пускали в шахты ядовитые газы, отравляли воду в колодцах, оставляли засады и тому подобное, но отряд действовал.
9 февраля 1942 года в результате предательства одного из членов отряда арестованы командир соединения П. Бадаев (Молодцов В.А.), его связные Т.У. Межигурская и Т.Г. Шестакова, а также Я.Я. Гордиенко на явочной квартире в городе. В тюрьме сигуранцы*) командир и партизаны мужественно переносили изуверские пытки, но никого не выдали.
29 мая 1942 года Владимир Молодцов впервые заговорил только после оглашения смертного приговора – на предложение подать просьбу о помиловании он ответил: «Мы на своей земле помилования у врагов не просим!».
Расстрелян 12 июля 1942 года в Одессе. Место захоронения неизвестно. Символическая могила-кенотаф находится на одесской Аллее Славы.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года за геройский подвиг проявленный при выполнении специальных заданий в тылу противника, капитану государственной безопасности Молодцову Владимиру Александровичу посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
